Как сообщает пресс-служба следственного управления СКР по  Архангельской области  и НАО, по версии следствия, в течение 10 лет имели место 197 фактов получения Сидоровым взяток в виде денежных средств от 8 лиц на общую сумму более 6 миллионов рублей. По данным следствия, Сидоров давал понять предпринимателям, что решения  по ряду договоров аренды, проведению конкурсов принимает он лично и для  положительного решения вопроса,  помимо официальной суммы, необходимо заплатить лично ректору учебного заведения. Многие предприниматели были в этом заинтересованы и готовы платить.  В апреле 2009 года при получении очередной взятки Сидоров был задержан с поличным.

16 мая 2011 года суд  удовлетворил ходатайство следователя отдела по расследованию особо важных дел и временно отстранил Павла Сидорова  от занимаемой должности ректора  университета. От обвиняемого поступило ходатайство  о рассмотрении дела судом с участием присяжных заседателей. Вину в инкриминируемых ему деяниях он не признал.

Уголовное дело насчитывает 20 томов. В настоящий момент по делу выполнен весь комплекс следственных действий, направленных на сбор и закрепление доказательств. Уголовное дело направлено прокурору Архангельской области для изучения и решения вопроса об утверждении обвинительного заключения и о передаче дела в суд для рассмотрения по существу.