В 2009-2011 годах на восстановительную деятельность на Соловках из бюджетов всех уровней было выделено 982,7 млн рублей. По оценке аудиторов, управление проектами не координируется должным образом, отсутствует вертикаль ответственности за конечный результат распорядителей средств. Работы ведутся в отсутствие единой схемы территориального планирования. Установлены отдельные нарушения действующего законодательства: в частности, в охранной зоне комплекса памятников архитектуры возводятся жилые дома, гостиницы и другие постройки.

Полный имущественный состав объектов ансамбля до сих пор не определен. Соглашения о совместном использовании историко-культурного и природного комплекса между музеем и монастырем не заключено. На балансе музея до сих пор числятся переданные монастырю в безвозмездное пользование 125 объектов религиозного назначения.

Материалы проверки направлены Президенту РФ, Святейшему Патриарху Кириллу, а также в Генпрокуратуру России.