Николай Николаевич Шилин родился 16 мая 1954 года в Московской области. В 1976 году окончил Севастопольское высшее военно-морское инженерное училище. С 1979 по 2011 годы проходил службу в органах государственной безопасности.
В 2011-2013 годах замещал должность главного федерального инспектора по Приморскому краю аппарата полномочного представителя Президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе. В апреле 2014 года назначен главным федеральным инспектором по Архангельской области.
Николай Шилин является действительным государственным советником Российской Федерации III класса. Награждён орденом «За военные заслуги», орденом Почёта, благодарностью Президента Российской Федерации.