По версии следствия, Сергей Аверин, будучи уже не госслужащим, а директором ООО «Бизнесстрой», использовал не по назначению часть бюджетных средств, предназначенных на строительство канализационных очистных сооружений и центрального коллектора в Каргополе. Всего на эти цели было перечислено 119 млн рублей, однако фактическая стоимость выполненных работ составила всего около 46 млн. Как доказывает сторона обвинения, похищенные таким образом деньги Аверин потратил на избирательный фонд (в 2013 году он безуспешно баллотировался в Архангельское областное Собрание депутатов от партии «Родина») и финансово-хозяйственную деятельность своей компании, не связанную с контрактом.

В декабре 2017 года прокуратура Архангельской области предъявила Сергею Аверину обвинение в мошенничестве в особо крупном размере. Вскоре судебное разбирательство перенесли в Санкт-Петербург в связи с тем, что отец обвиняемого более 20 лет был председателем Архангельского областного суда. 

Обвинение требует для подсудимого наказания в виде 8 лет лишения свободы в исправительной колонии общего режима и штрафа в размере 1 млн рублей. Сторона защиты просит оправдать Сергей Аверина за отсутствием события преступления.

Как сообщает объединенная пресс-служба судов Петербурга, следующее заседание по делу назначено на 26 июня.